1930-talets Moskva. En berömd författare censureras av den sovjetiska staten: hans roman förbjuds och premiären av hans nya pjäs om Pontius Pilatus ställs plötsligt in. Inom några dagar blir han en paria. Drabbad av förtvivlan börjar han skriva en ny roman - en djärv satir där djävulen, Woland, anländer till Moskva för att utkräva surrealistisk och poetisk hämnd på dem som är ansvariga för författarens fall. Även om han vet att detta verk aldrig kan publiceras i Sovjetunionen, uppmuntrar hans musa Margarita honom att skriva det ändå, oavsett konsekvenserna.

Filmen väver samman Bulgakovs roman med hans egen biografi och skapar en mångbottnad berättelse som utspelar sig i tre parallella tidslinjer: det halvrealistiska Moskva på 1930-talet, det fantastiska framtids-Moskva i Mästarens roman och Jerusalem år 33 e.Kr.